Die Beschreibung des Wappens lautet:
Unter blauem Zinnenschildhaupt in Silber drei schmale, schwarze Balken.
Der Inhalt des Wappens wird wie folgt begründet:
Schon im Jahr 776 kommt der Ort Baierbrunn als eine Schenkung an das Kloster Schäftlarn vor. Im 12. Jahrhundert ist das Geschlecht der "Herren von Baierbrunn" beurkundet. Schon 1493 war die Hofmark Baierbrunn im Besitz des Hofkastenamts München und kommt im Tauschweg 1670 in den Besitz des Klosters Schäftlarn, wo es bis zur Auflösung des Klosters verblieb. Da das Geschlecht der "Baierbrunner" bis zu seinem Aussteben eine bedeutende Rolle gespielt hat, knüpft das Gemeindewappen an das Wappen der "Baierbrunner", welches nach einer alten Überlieferung drei schmale Balken zeigte, an. Das so genannte Zinnenschildhaupt gilt als Sinnbild für die Burg Baierbrunn, die Farben Silber und Blau erinnern an die früh nachweisbaren Zusammenhänge zwischen Baierbrunn und dem bayerischen Herzogshaus.
(Generaldirektion der staatlichen Archive Bayerns / 09.06.1970)